Eugenio fue profesor asociado de la Facultad de Psicología y del Programa de Biología de la Universidad El Bosque, e investigador de EvoCo: Laboratorio de Evolución y Comportamiento Humano entre 2016 y 2018. Después trabajó como investigador postdoctoral en el Specht Lab estudiando la evolución de los síndromes de polinización en las especies neotropicales de Costus L. en un proyecto que abarca taxonomía, filogenómica y métodos comparativos. Además, está interesado en la historia evolutiva y la taxonomía del género Renealmia L.f. en el Neotrópico y particularmente en su natal Colombia. Actualmente se desempeña como investigador de la Fundación Humedales en Colombia.

Está interesado en los procesos que llevaron a la alta riqueza de especies en la región Neotropical, particularmente en Colombia y la región de los Andes del Norte. Abordar estos procesos integrando filogenética, métodos comparativos, filogeografía, sistemática y taxonomía vegetal ha sido el foco de su investigación. El jengibre y sus familiares son su grupo de estudio y también está interesado en la docencia y las actividades de divulgación pública.